タイトル

開講年度 開講学部等
2025 理学部
開講学期 曜日時限 授業形態 AL（アクティブ・ラーニング）ポイント
前期後半 火1～2 講義 10.0
時間割番号 科目名[英文名] 使用言語 単位数
1041400020 バイオデータ処理演習 日本語 1
担当教員（責任）[ローマ字表記] メディア授業
原田　由美子[HARADA Yumiko] ー
担当教員[ローマ字表記]
原田　由美子　[HARADA Yumiko]
特定科目区分   対象学生   対象年次 3～
ディプロマ・ポリシーに関わる項目 カリキュラムマップ(授業科目とDPとの対応関係はこちらから閲覧できます)
授業の目的と概要
データサイエンスを生物学に活用するため、データサイエンス授業の講義で学習したアルゴリズムなどの原理による専門知識を基に、生物データベースの使い方からアミノ酸の関係性を表す系統樹を作成するなどて、コンピュータを使ったバイオインフォマティクスの演習を行う
授業の到達目標
データサイエンスとしての生物データを扱う基礎として、英語文献の検索、遺伝子データベースの活用、遺伝子やアミノ酸配列の類似性等を学習、解析ができること
授業計画
【全体】
データサイエンス科目「バイオ数理技術」でアルゴリズムなどの原理の基礎的な知識をもつ学生を対象に、生物データに関する文献検索をはじめとして、生物データベースに公開されている遺伝子データを集め、モチーフ検索、アラインメント、系統樹作成などを行う。また基礎的な生物画像の解析方法を学ぶ。
項目 内容 授業時間外学習 備考
第1回 文献・生物情報データベース 英語文献や生物情報データベースにアクセスし、文献や遺伝子の検索を行う 演習内容の復習および参考書等による授業内容の発展学習(学修時間の目安：4時間以上)
第2回 配列解析1 遺伝子やアミノ酸配列の相同性検索を行う 演習内容の復習および参考書等による授業内容の発展学習(学修時間の目安：4時間以上)
第3回 配列解析2 複数の生物のアミノ酸配列を用いてマルチプルアライメントを行う 演習内容の復習および参考書等による授業内容の発展学習(学修時間の目安：4時間以上)
第4回 分子系統樹の作成 複数の生物種のアミノ酸配列から分子系統樹を作成する 演習内容の復習および参考書等による授業内容の発展学習(学修時間の目安：4時間以上)
第5回 アミノ酸配列解析 モチーフ検索、膜蛋白質解析、DNA binding domainについて理解し、アミノ酸解析の手法を学習する 演習内容の復習および参考書等による授業内容の発展学習(学修時間の目安：4時間以上)
第6回 塩基配列の利用とゲノム解析

 		PCRプライマーの設計、プライマー設計のルール、ORFやプロモーター領域の検索などを行う 演習内容の復習および参考書等による授業内容の発展学習(学修時間の目安：4時間以上)
第7回 生物画像解析 ImageJを利用した画像解析を行う 演習内容の復習および参考書等による授業内容の発展学習(学修時間の目安：4時間以上)
第8回 生物画像解析の続き、総合演習、総括 演習内容の総括や質問などを受け付ける 演習内容の復習および参考書等による授業内容の発展学習(学修時間の目安：4時間以上)
※AL（アクティブ・ラーニング）欄に関する注
・授業全体で、AL（アクティブ・ラーニング）が占める時間の割合を、それぞれの項目ごとに示しています。
・A〜Dのアルファベットは、以下の学修形態を指しています。
【A：グループワーク】、【B：ディスカッション・ディベート】、【C：フィールドワーク（実験・実習、演習を含む）】、【D：プレゼンテーション】
A: 10%　B: 10%　C: 50%　D: 30%
成績評価法
小テスト、授業内のプレゼンテーション、学期末のレポートで評価します。
小テスト　20％、プレゼンテーション　20％、学期末の筆記テスト　60％
教科書にかかわる情報
備考
参考書にかかわる情報
備考
毎回、講義・演習のためのプリントを配付する
メッセージ
バイオ数理技術を履修していることが望ましい
キーワード
遺伝子データベース、モチーフ検索、アラインメント、系統樹
持続可能な開発目標（SDGs）

  • 質の高い教育をみんなに
  • パートナーシップで目標を達成しよう
(教育)すべての人に包摂的かつ公正な質の高い教育を確保し、生涯学習の機会を促進する。
(実施手段)持続可能な開発のための実施手段を強化し、グローバル・パートナーシップを活性化する。
関連科目
バイオ数理技術を履修していることが望ましい
履修条件
連絡先
原田由美子 yharada@yamaguchi-u.ac.jp
オフィスアワー
月曜日～金曜日、随時

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