山口大学教務システム - 1083056030-バイオ情報処理技術演習

開講年度	開講学部等
2025	共同獣医学部
開講学期	曜日時限	授業形態	AL（アクティブ・ラーニング）ポイント
前期後半	水3～4	演習	10.0
時間割番号	科目名[英文名]			使用言語	単位数
1083056030	バイオ情報処理技術演習[Practice in Bioinformatics Technologies]			日本語	1
担当教員（責任）[ローマ字表記]					メディア授業
清水隆[SHIMIZU Takashi]					ー
担当教員[ローマ字表記]
清水隆　[SHIMIZU Takashi], 大濵剛　[OHHAMA Takashi], 渋谷周作　[SHIBUTANI Shusaku], 下田宙　[SHIMODA Hiroshi], 高野愛　[TAKANO Ai], 三宅在子　[MIYAKE Ariko], 柳田哲矢　[YANAGIDA Tetsuya]
特定科目区分		対象学生		対象年次	4～
ディプロマ・ポリシーに関わる項目			カリキュラムマップ(授業科目とDPとの対応関係はこちらから閲覧できます)

授業の目的と概要

獣医学のみならず生物学では必須になっているバイオ情報の取り扱い方法を6名の教員のオムニバス形式で説明します。

授業の到達目標


DNA情報を取得できる。 DNA情報を並べて比較できる。 DNA情報から系統樹を作成できる。 DNA情報を使って適切に遺伝子操作を設計できる。アミノ酸配列を取得できる。アミノ酸配列からタンパク質のドメインを検索できる。アミノ酸配列からタンパク質の構造を予測できる。

授業計画

【全体】

6名の講師のオムニバス形式で以下の項目を学習する。

① 生物情報の検索、取得、保存、分析
② 塩基配列の解析、配列の取得、アミノ酸への変換、各種検索
③ 遺伝子操作 (PCR、primer設計、infusionクローニング、制限酵素クローニング)
④ ImageJ画像解析
⑤ 次世代シークエンス（含RNA-seq）
⑥ アライメントと系統樹
⑦ タンパク質の解析・検索、構造予測

	項目	内容	授業時間外学習	備考

第1回	生物情報の検索、取得、保存、分析	イントロ、生物情報の検索、取得、保存、分析、pubmed、NCBI、KEGG、薬剤、Ensembl、etcデータベースの紹介	復習

第2回

DNA配列の検索と解析

塩基配列の解析、配列の取得、アミノ酸への変換、プロモーター検索、SD配列、イントロン、BLAST DNA

復習

第3回

遺伝子操作

PCR、primer設計、infusionクローニング、制限酵素クローニング

復習

第4回

画像解析

ImageJ画像解析

復習

第5回

次世代シークエンス

次世代シークエンス（含RNA-seq）

復習

第6回

アライメントと系統樹 I

塩基配列の比較と系統樹作成

復習

第7回

アライメントと系統樹 II

塩基配列の比較と系統樹作成

復習

第8回

タンパク質の検索と解析

タンパク質の解析、BLASTドメイン・モチーフ検索、構造予測(alpha fold)

復習

※AL（アクティブ・ラーニング）欄に関する注
・授業全体で、AL（アクティブ・ラーニング）が占める時間の割合を、それぞれの項目ごとに示しています。
・A〜Dのアルファベットは、以下の学修形態を指しています。
【A：グループワーク】、【B：ディスカッション・ディベート】、【C：フィールドワーク（実験・実習、演習を含む）】、【D：プレゼンテーション】

A: --%　B: 10%　C: 90%　D: --%

成績評価法

講義内での演習問題50%レポート50%を各教員が個別に判断し、合計する。

教科書にかかわる情報

備考

参考書にかかわる情報

備考

メッセージ

キーワード

持続可能な開発目標（SDGs）

メディア授業